Krakow Nationalmuseum har totalt nio avdelningar, vart och en har sitt egna tema och atmosfär.
De stora museerna, såsom huvudbyggnaden av Nationalmuseum, Czartoryski-museet eller Tyghallen kompletteras av mindre, mer personliga, biografiska utställningar tillägnade de största polska konstnärerna som bodde eller verkade i Krakow, liksom målaren, dramatikern och poeten Stanislaw Wyspianski eller kompositören Karol Szymanowski.
Huvudbyggnaden i Nationalmuseet har tre permanenta utställningar. Den mest intressanta är verkligen galleriet för polsk 1900-talskonst, den mest omfattande utställningen av sitt slag i Polen. Den innehåller målningar från den första perioden av 1900-talet av konstnärer på den modernistiska "Unga Polen"-rörelsen.
Tyghallen innehåller nu en samling av polsk konst med anor från 1700- och 1800-talen. De fyra rummen innehåller verk av för-romantiska och klassicistiska målare, polska historiska panoramor av Jan Matejko, Artur Grottger eller Jacek Malczewski, och den berömda expressionistiska Frenesi och extas av Wladyslaw Podkowinski.
Czartoryski-museet är kanske den mest kända avdelningen av Nationalmuseum i Krakow och ägs fortfarande av familjen Czartoryski. Detta museum innehåller den berömda Damen med hermelinen av Leonardo Da Vinci, liksom målningar av Breughel och Rembrandt. Det finns också en arsenal och ett bibliotek.
Biskopen Erazm Cioleks palats, denna tidiga herrgård från 1500-talet på en av Krakows vackraste gator, Ulica Kanonicza, räknas som en av de tidigaste och vackraste renässansbostäderna i Krakow, byggt av samma arkitekter som konstruerade Collegium Maius.
